3D Slicer
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3D Slicer Sample dataの読み込み方

小倉 淳
記事内に商品プロモーションを含む場合があります

こんにちは、個人事業OguLinks代表の小倉(@jun_ogulinks)です。

皆さん、3D Slicerはお使いでしょうか?

私は仕事上、3D Slicerが欠かせない存在となっています。

とは言え使いこなしているレベルではなく自分が使う機能のみを把握しているだけで、少しずつ自分が使える機能を増やしているといった段階です。

また、意外と使い方に関する日本語のソースが多くないようなので、私の周辺研究者へ使い方を伝えるツールとしてブログを活用していこうかと思います。

医学生物系研究者だけでなく他分野のユーザーにも役に立つ情報かと。

この記事を皮切りに3D Slicerの使い方について記事を投稿していきます。

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3D Slicer Sample Dataの呼び出し方

この記事では3D Slicer バージョン5の使用を前提に話を進めていきます。

3D Slicer起動後、メニューバー>File>Download Sample Data をクリックします。

すると下図のように利用できるサンプルデータ一覧が表示されます。

画像サムネイルとキャプションを見ればだいたいどのようなデータなのかイメージが付くのではないかと思います。

使用したいサンプルデータを見つけたら、そのサムネイル画像をクリックします。

ここでは試しに ” MRBrainTumor1 ” を選択してみます。

するとすぐにデータの読み込みが始まり、下部のステータス欄(サムネイル画像一覧をスクロールすると一番下にステータス欄があります)が下図のような表示になっていればサンプルデータが使えるようになっています。

他のサンプルデータも使いたいということであれば連続で複数のデータを読み込むことも可能です。

3D Slicer Sample Dataの利用における注意点

サンプルデータ使用にあたっていくつかライセンスが付与されているようなので注意しましょう。

以下はサンプルデータのAcknowledgmentに記載されているものです。

This work was was funded by Cancer Care Ontario and the Ontario Consortium for Adaptive Interventions in Radiation Oncology (OCAIRO) MRHead, CBCT-MR Head, and CT-MR Brain data sets were donated to 3D Slicer project by the persons visible in the images, to be used without any restrictions.

CTLiver dataset comes from Medical Decathlon project (imagesTr/liver_100.nii.gz in Task03_Liver collection) with a permissive copyright-license (CC-BY-SA 4.0), allowing for data to be shared, distributed and improved upon.

CTA abdomen (Panoramix) dataset comes from Osirix DICOM image library and is exclusively available for research and teaching. You are not authorized to redistribute or sell it, or use it for commercial purposes.

Contributors: Steve Pieper (Isomics), Benjamin Long (Kitware), Jean-Christophe Fillion-Robin (Kitware)

3D Slicer サンプルデータのAcknowledgmentより

内容をまとめると次のようになります。

MRHead / CBCT-MR Head / CT-MR Brain

これら3つのデータセットは、画像中の人物から3D Slicerプロジェクトに寄付され、何の制限もなく使用できます。

CTLiver

Medical Decathlonプロジェクトより、著作権ライセンス(CC-BY-SA 4.0)で、データの共有、配布、改良ができるように提供されたもの。

CTA abdomen (Panoramix)

Osirix DICOM イメージライブラリから提供されており、研究および教育のためにのみ利用可能。

再配布・販売・商業的な目的のために使用することはできません。

その他

上記の文章には特に記載がありませんが、CTLiverやCTS abdomen (Panoramix)のような何かしらの利用ルールは存在しているものと思われます。

まだ私は調べ切れていませんが、その他のサンプルデータを使いたい方は十分調査をした上で利用目的に応じてルールに順守するように気を付けましょう。

まとめ

今回は3D Slicerのサンプルデータセットの呼び出し方について解説しました。

どのようなサンプルデータがあるか詳細までは言及しませんでしたが、大部分はサムネイル画像とキャプションで想像の付くものが多いです。

もちろんそうでないものもありますが、公式のドキュメントに説明のないものが多いため、この記事では深堀せず、あくまでデータ読み込みと利用の注意点にのみ絞って解説をしました。

部位としては頭(脳、頭蓋骨、顎、等)、胸(心臓、肺、等)、腹部(肝臓)、画像のモダリティとしてはMRI(DTI含む)、CT、超音波があります。

腫瘍といった病変を含む画像もありますので、使い方の練習などで色々と試すことができるのではないでしょうか。

他の記事で今回解説しなかったサンプルデータを利用する予定もありますので、公開後ご覧いただけますと幸いです。

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ABOUT ME
小倉 淳
小倉 淳
テクニカルフェロー / 個人事業主
国立研究機関(医療系)の非常勤研究職員であり、大学の保健医療学部で非常勤講師として毎年60コマ以上の講義・演習を担当。  

自身のプログラミング技術を活かすため、個人事業OguLinksを立ち上げ、教育・研究機関の研究者を対象にPythonプログラムの開発等を請け負っています。  

臨床検査技師と精神保健福祉士の有資格者。  

経歴等(→ResearchMap)
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