3D Slicer
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3D Slicer 拡張機能の追加方法と起動

小倉 淳
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こんにちは、個人事業OguLinks代表の小倉(@jun_ogulinks)です。

3D Slicerには標準では使うことができない有用な拡張機能が多く存在します。

今回は拡張機能の追加の仕方と起動方法などについて解説をしていきます。

自分にとって有用な拡張機能を導入して3D Slicerをパワーアップしましょう。

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3D Slicerの拡張機能の追加方法

 この記事は3D Slicer バージョン5.0.2を使用していますが、5.0.3からExtensions Managerウィンドウの仕様が変更となりました。5.0.3以降をお使いの方はこちらの記事をご参照ください。

あわせて読みたい
3D Slicer拡張機能管理画面(Extensions Manager)の使い方
3D Slicer拡張機能管理画面(Extensions Manager)の使い方

 この記事の「拡張機能の起動方法」のセクションは5.0.3でも同じとなります。

拡張機能の追加・管理は非常に簡単です。

下図を見ていただくとわかると思いますが、標準で表示されている右上にある拡張機能のボタンをクリックすると拡張機能の管理ウィンドウ(Extensions Manager)が開きます。

Extensions Managerウィンドウの構成は下図のようになっています。

拡張機能の追加を行うにはInstall Extensionsタブを開いてください。

基本的には左側のカテゴリーリストから自分の導入したい拡張機能のカテゴリーを選択し(カテゴリーが分からない場合はカテゴリーAllを選択)、右側に表示される拡張機能一覧からインストールするという流れになります。

インストールしたあとは拡張機能を有効化するために3D Slicerの再起動が必須となります。作業途中で拡張機能をインストールしようとする場合はご注意ください。

また、Extensions Managerウィンドウは3つのタブで機能がわかれており(上図参照)、Manage ExtensionsタブとRestore Extensionsタブについても解説します。

Manage Extensionsタブでインストール済み拡張機能を管理

manage Extesionsタブではインストール済みの拡張機能の有効化・無効化およびアンインストールをすることができます。

基本的にあまり操作する機会はないと思われますが、拡張機能を再インストールしたい、一時的に機能をオフにしたいといったことがあればこちらから実行することが可能です。

間違ってインストールしてしまった拡張機能をアンインストールして整理したいという場合には役に立ちますね。

Restore Extensionsタブで3D Slicer過去バージョンにインストールした拡張機能を新バージョンにも反映させる

Restore Extensionsタブは、3D Slicer過去バージョンにインストールした拡張機能を新バージョンにも反映させるための便利機能です。

新規で3D Slicerをインストールした方には関係ない話ですが、すでに3D Slicerをインストール済みでバージョンを更新した方にはありがたい機能です。

通常、3D Slicerを更新するとインストールした拡張機能は全て消えてまっさらな状態になってしまいます。

これを一つ一つ必要な拡張機能を探してインストールし直すというのは、なかなか面倒臭い作業です。

しかし、Restore Extensionsタブを開いてみると過去バージョンでインストールしていた拡張機能の一覧が表示されており、チェックを入れたものをまとめてインストールし直してくれます。

インストール済みのものはグレーアウトされて選択できません。

また、上図のLongitudinalPETCTという拡張機能は起動中の3D Slicerバージョンでは提供されていないようで、バージョンに適合しない拡張機能もグレーアウトされインストールできないようになっています。

もし、自分の使いたい拡張機能が使えない場合は3D Slicer自体のバージョンについて確認することをお勧めします。

拡張機能の起動方法

拡張機能のインストールはできても起動の方法が分からなければ意味がありません。

起動の方法についてみていきます。

まず、拡張機能には大きく分けて以下の2タイプがあるようです。

拡張機能のタイプ
  • 新規のモジュールを追加する拡張機能
  • 既存のモジュールに追加機能を付加する拡張機能

モジュールとは下図赤枠で表示されるものです。

自分が使いたい拡張機能がどちらのタイプなのかはご自身で調べていただく必要がありますが、ここではそれぞれのタイプについて1例ずつ紹介していきます。

新規モジュールとして追加される拡張機能

Registrationカテゴリーに分類されるSlicerElastixという拡張機能を例にして起動方法を確認していきます。

SlicerElastixを起動するには下図のようにモジュール一覧から選択します。

するとSlicerElastixのパラメータ入力画面へと遷移します。

このように新規モジュールとして追加される拡張機能の場合はモジュール一覧から起動することになります。

モジュール一覧のどこにあるのか分かりずらいこともありますが、数えきれないほど多くの拡張機能を導入していないのであれば比較的簡単に見つけることができると思われます。

既存モジュールに追加機能を付加する拡張機能

既存モジュールに追加機能を付加するタイプの拡張機能の場合は変化が少し分かりずらいかもしれません。

ここではSegmentationカテゴリーに分類されるSegmentEditorExtraEffectsという拡張機能を例にして起動方法を確認していきます。

このSegmentEditorExtraEffects拡張機能は標準で実装されているSegment Editorモジュールに追加機能を付加して、使える便利ツールを増やすことができるものです。

上図を見ていただくとSegmentEditorExtraEffects導入前後の違いがはっきりとわかるかと思います。

このようにこのタイプの拡張機能ではモジュール一覧から起動する必要がありません。

当然、モジュール一覧に表示はありませんのでいくら探しても見つけることはできません。

自分が使用する拡張機能がこのタイプの場合は勘違いしないようにしましょう。

まとめ

今回は3D Slicerに拡張機能を追加・管理する方法とその起動方法についてみていきました。

3D Slicerのバージョンを更新した後の拡張機能をリストアすることで面倒臭い作業を減らしていきましょう。

拡張機能のタイプ別起動方法についても理解しておくことで混乱を避けることができます。

2つの拡張機能を例に解説していきましたが、拡張機能は非常に多く、全てを解説することはできません(私が使っているものしか今のところ把握しておりません)。

そのためご自身で使用したい拡張機能については個別に調査いただき対応してもらえればと思います。

便利な拡張機能を導入して3D Slicerライフをより良いものにしていきましょう。

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ABOUT ME
小倉 淳
小倉 淳
テクニカルフェロー / 個人事業主
国立研究機関(医療系)の非常勤研究職員であり、大学の保健医療学部で非常勤講師として毎年60コマ以上の講義・演習を担当。  

自身のプログラミング技術を活かすため、個人事業OguLinksを立ち上げ、教育・研究機関の研究者を対象にPythonプログラムの開発等を請け負っています。  

臨床検査技師と精神保健福祉士の有資格者。  

経歴等(→ResearchMap)
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